Passando por 2 anos e meio treinando árduamente com o ninja lendário Jiraya, Naruto Uzumaki, agora com 15 anos, regressa à vila de Konoha, sua terra natal, preparado para enfrentar os seus caçadores, a organização Akatsuki de ninjas renegados e para salvar o seu amigo Sasuke Uchiha das mãos de Orochimaru.
Junto a ele estão os restantes membros da sua velha equipe, Kakashi Hatake, seu antigo mestre e Sakura Haruno discípula da Quinta Hokage, Tsunade que desenvolveu capacidades médicas extraordinárias, além de uma força sobre-humana e determinação ainda maiores.
Depois se juntarão à equipe Tenzo também conhecido por Yamato, um membro de elite da força ANBU, companheiro mais novo de Kakashi e com habilidades identicas às do primeiro Hokage, e Sai um jovem ANBU pertencente a uma facção militarista de Konoha, que aparentemente não possui emoções.
Akatsuki, a organização terrorista tem como objetivo especifico, obter o poder dos 9 seres sagrados com caudas, que são consideradas pelos ninjas como armas supremas, fornecendo uma fonte infinita de chakra. Junto a ele estão os restantes membros da sua velha equipe, Kakashi Hatake, seu antigo mestre e Sakura Haruno discípula da Quinta Hokage, Tsunade que desenvolveu capacidades médicas extraordinárias, além de uma força sobre-humana e determinação ainda maiores.
Depois se juntarão à equipe Tenzo também conhecido por Yamato, um membro de elite da força ANBU, companheiro mais novo de Kakashi e com habilidades identicas às do primeiro Hokage, e Sai um jovem ANBU pertencente a uma facção militarista de Konoha, que aparentemente não possui emoções.
Os seus nove membros tentarão capturar as pessoas que possuem esses seres escondidos, não escolhendo a meios para conseguir os seus fins.
Naruto e Gaara, agora Kazekage, possuem respectivamente Kyuubi, a raposa das 9 caudas, e Shukaku o tanuki de 1 cauda.
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